獨眼少年皐月驅在五年前一場不明原因的自殺中失去了唯一的姐姐。皐月驅從此一蹶不振,幸虧有和他一起長大的水奈瀬由佳的照顧,皐月驅慢慢恢復了平靜的心態,但是他從此對任何人和事都不再關心,對未來也不再抱有任何希望,終日渾渾噩噩的渡日。就這樣兩人進入了新興都市綾女丘市虹陵館學園就讀,由佳一如既往的照顧著驅,兩人的關係也再無進展,然而命運弄人,在毫無徵兆的情況下,世界改變了。漆黑的月如墨一樣照耀著大地,空中被染上血色,街道上人的氣息消失了,寂靜包圍了這個無人的廢墟一樣的世界。在這個發生了翻天覆地變化的世界裡,只有驅和由佳被籠罩在巨大的黑色月光底下,街道上的異形蠢蠢欲動,驅和由佳除了逃跑別無選擇。然而,在經過一個特定的時間之後,世界又恢復了原狀。如此往復,“赤夜”的每次來臨都毫無徵兆。漸漸的,驅和由佳發現除了他們之外,還有別的人也被捲入了“赤夜”之中。他們有的利用陰陽道擊退敵人,有的利用超越人類的戰鬥能力打敗異形。驅和由佳在“赤夜”相遇的夥伴均是一些有著特殊能力的超能力者。然而,他們將面對更強大的敵人——六個比起其他異形有著更強大戰鬥力的“黑騎士”。儘管驅和他的夥伴為著不通的理由而戰鬥,然而在一起度過校園生活,一起共同戰鬥的過程中,漸漸的,驅和新的夥伴建立了不可取代的關係。經歷了重重戰鬥,面對“赤夜”的真相,驅和他的夥伴們究竟將如何選擇……